對於立委建議修改科技部組織法部分條文修正草案，恐對產業造成衝擊等議題，科技部20日回應指出，科技部尊重各界對於科技政策相關意見與建言，但從未推動此事，更沒有獨攬科技預算分配的想法。
科技部指出，依現有機制行政院科技會報乃協調及決策平台，召集人為行政院院長，依立法院通過本部組織法之附帶決議，科技部部長為副召集人之一，負責召開行政院跨部會之科技預算審查初審會議，並應就其負責聯繫之政府科技發展計畫及科技預算審查等相關事項，受立法院監督質詢。
科技部承科技會報指導進行各類審查，再透過由院長召集、各科技部會首長及產學研專家擔任委員之科技會報平台，作整體科技資源協調與配置，對全國科技發展之綜整，有效發揮行政院指揮及科技部提供專業建議的綜效，對國內科技發展極為正面。
至於各主要科技機關對於科技計畫的推動方面，中研院、科技部負責上游基礎研究、應用研究及鏈結轉譯；經濟部則負責技術開發及產業輔導與鏈結；教育部、農委會及衛福部等著重人才培育、農業及醫藥衛生等社會問題的解決。各科技機關其首長依權責及職掌，在科技計畫之協調合作及分工，目標一致都是為配合行政院順利推動政務，迄今運作非常順暢，對於科技產業上中下游銜接均有相當穩健的機制，於此機制下，藉由群策群力，共同創造並擴散科研的價值與能量。