為避免財團法人成為避稅工具，財政部檢討慈善機關團體及公益信託的租稅優惠，除了修正所得稅法刪除機關團體獲配股利不計入所得額課稅規定外，包括禁止財團法人回購捐贈事業股票、訂定大型財團法人公益支出三級比率等，此外，關係人擔任機關團體董監事，不可超過全體董監事人數的三分之一。
財政部今（23）赴財委會，就「教育文化公益慈善機關團體及公益信託之租稅優惠規定檢討」進行專題報告並備質詢，財政部表示，為提升民間從事公益活動誘因，鼓勵個人或營利事業參與公益活動，只要符合一定要件的教育文化公益慈善機關或團體或公益信託，都能有適度的租稅減免優惠。
但官員指出，近來有外界反應，部分機關團體涉有關係人交易、投資股票成為集團控股機構，或未積極從事創設目的活動等，或是部分公益信託財產規模龐大，但每年用於公益活動支出占信託財產的比率極微的情形。
因此，財政部檢討修正相關規定，在機關團體的部分，為防杜機關團體與其捐贈事業的股東或關係人，有不當利益輸送或成為集團控股機構，規範機關團體與捐贈人或其關係人的交易不可低於市價，且不可回購捐贈事業股票。
此外，營利事業主要捐贈人及關係人，若要擔任機關團體董監事，不可超過全體董監事人數三分之一；當年度機關團體收入總額1億元以上者，與創設目的有關的支出，不得低於收入的80％；5,000萬元以上、未達1億元者，不可低於70％；未達5,000萬元者，不可低於60％。
公益信託部分，財政部建議，應明定公益信託相關監督及管理規範，包括增訂信託財產總額，或當年度收入總額達一定金額的公益信託，其財務報表應經會計師查核簽證，及每年從事公益活動支出的最低百分比等，以強化公益信託的治理。