財政部19日指出，我國自2008年以來啟動國際租稅的「相互協議程序」以避免企業被雙重課稅，其中以日本、荷蘭、瑞士、英國等地的台企關係企業為最主要申請對象，合計占比約75％。
截至2019年8月止，我國與他國關係企業間利潤分配爭議約3件、申請簽署雙邊預先訂價協議15件，而採取解釋所得稅協定爭議14件。
官員19日受訪時表示，日本近3年雙邊案件就多達9件，多為日商在台子公司與日本母公司的權利金交易，透過預先申請雙邊訂價，由日本、台灣稅局先行審查、可排除雙重課稅情況。
所謂關係企業間利潤分配爭議為已發生案件，多為母國A公司在台分公司B的營收被列為台灣稅局課稅主權，但A公司母國稅局也認為有課稅權，因此由企業先行提出，再由雙方稅局針對營運架構、所得來源做協調，若A、B各半，有可能會採取兩邊各課徵50％所得。
而雙邊預先訂價協議則是未發生案件，關係企業間要做交易，但考量到稅務風險，因此先行向兩國稅局提出申請，等到兩邊稅局同意後，由單一國別稅局課徵移轉訂價稅負，也能避免一筆交易被課兩次稅情況。
至於所得稅協定爭議則是稅局對於所得認定有所差異，再另做兩邊稅法上的解釋。舉例而言，A國認為台企分公司的電子商務收入不需課稅，但是該分公司已達台灣的電商課稅門檻，因此台灣與A國就會做稅法解釋、讓跨國企業符合單一模式繳稅。
經濟合作暨發展組織（OECD）於2015年發布防止稅基侵蝕及利潤移轉（BEPS）15項行動計畫成果報告，我國財政部以及時、具效率方式解決所得稅協定爭議。
官員認為，在荷蘭台灣關係是最常申請所得稅協定爭議案，因為近幾年台企為了打入歐洲，往往先在荷蘭設立公司做為敲門磚，荷蘭適用租稅協定至少20年以上，因此當地會計師多建議企業使用其模式。而日本最常見則是雙邊預先訂價協議。
