疫情指揮中心4日回應新冠肺炎疫苗時說，已跟COVAX簽約，並透過多方管道洽購，且國內研發也會在12月陸續進到第二期實驗。至於德國BNT疫苗，未來有機會透過COVAX取得。
台灣東洋藥品日前取得德國BioNTech（BNT）2019新型冠狀病毒疾病（疫苗在台銷售的「有條件授權書」，但台灣東洋3日宣布，由於BNT與政府在數量及價格難有共識，無法如期代理該疫苗進口。
中央流行疫情指揮中心則指出，因台灣東洋無法提供正式授權文件和合約，談判無以為繼。雙方說法兜不攏。台灣東洋3日深夜再度發出聲明指出，與政府持續協商期間，雖積極爭取延長BNT授權期限，但由於部分商業條件未能成就，因此無法繼續提供有效證明文件。
指揮中心發言人莊人祥下午記者會後受訪時表示，指揮中心很早就和德國BNT洽購疫苗，但當時BNT說，台灣在內的亞洲區都已授權上海復星醫藥集團，因此才未有進一步合作，如今東洋雖有條件授權BNT疫苗，卻遲遲無法出具文件證實是德國BNT的「直接授權」，若非直接授權，指揮中心沒必要透過東洋談BNT疫苗。
指揮中心指揮官陳時中下午在疫情記者會回應媒體詢問，東洋宣稱可買到疫苗但破局，是否有炒股嫌疑時表示，對商業行為不予置評，但據他所知，台灣東洋所做的事情都是上市公司應該做的，並沒有虛偽誇大。
至於取得新冠肺炎疫苗布局，陳時中也說，台灣已跟COVID-19疫苗全球取得機制（COVAX）平台簽約，台灣廠商的疫苗臨床實驗也將陸續在12月進入第二期，屆時也會積極駐廠協助。
陳時中說，當然希望國產疫苗研發進度快，但疫苗必須安全，也有一定的規範，有任何管道可取得疫苗都會努力。
外界質疑，台灣明年第一季將沒有疫苗可打，可能衝擊經濟；陳時中表示，就算台灣東洋取得BNT疫苗，也沒有保證第一季一定會有；且台灣經濟在全世界當中所受衝擊最小，成長率3%多，全世界沒有這麼高的。