因應閃電颱風路徑，可能「北抬」，侵襲恆春半島，經濟部水利署長賴建信5日晚6時45分，召開防汛視訊會議，當場指示颱風可能侵襲範圍的相關河川局及水資源局，應保持高度警覺及注意人員安全，即時掌握颱風動態、降雨量，做好各項因應作業，並和地方政府保持密切聯繫、即時提供協助及救援；面對秋颱，該署同仁務必保持戒慎恐懼的態度，切勿掉以輕心。
賴建信指示，雖然閃電颱風為輕度颱風，但仍務必提高警戒，切記不可掉以輕心，確實做好防汛工作的各項介面串連，加強與地方政府溝通聯繫，提供各防汛熱點相關資料，及必要協助。
至於此次颱風影響降雨區域，主要位於台東及屏東地區，請河川局與當地地方政府保持密切的聯繫，如有需要疏散撤離，請防汛護水志工及水患自主防災社區，協助疏散撤離的預警及相關工作。
閃電颱風對東北、東半部及恆春半島區域，可能影響較大，要求第七河川局特別注意恆春半島降雨熱區，隨時掌握淹水感測器及淹水災情，主動與地方政府聯繫，並及時救援。
七河局與南區水資源局，就牡丹水庫的蓄水情形，若有放水狀況時，充分協調做好上、下游的因應對策；第八及第九河川局加強戒備河川工程，並做好相關工程安全措施及衛生管制，以避免人員及機具的損害。至於疏濬工程，若需撤離，亦應提早準備。
東北角及宜蘭地區也可能會有較大雨勢，第一及第十河川局應加強戒備，隨時與地方政府保持聯繫。 水利署提醒民眾，可透過防災資訊服務網（http://fhy.wra.gov.tw）及facebook防汛抗旱粉絲團（網路）、行動水情APP（智慧型手機）、警戒簡訊通報系統（一般手機）及免付費電話0800-079-579（你去救、我去救）等防災避災工具，掌握即時防災避災訊息，藉以減少民眾生命財產損失。