因應本土群聚疫情爆發，港務公司董事長李賢義特別要求所屬員工超前部署，自即日起做好中央流行疫情指揮中心公告「COVID-19疫情第三級警戒標準」之準備，除強化落實現行各項防疫措施外，同時鼓勵員工暨港區相關業者，踴躍參加疫苗接種，對各項會議、教育訓練、參訪活動，以暫停、視訊或延後辦理，員工上班及外出須全程佩戴醫療用口罩、暫停辦理員工動靜態勞工教育訓練等各項防疫措施。
港務公司提升轄屬港埠各項防疫作為如下：
一、臺北港、基隆港及臺中港自即日起，暫停釣魚活動。
二、臺北港營運處配合新北市提升至第三級警戒，啟動分區上班機制。
三、各港清查同仁足跡，若有與匡列接觸者，列為自我健康監測管理。
四、基隆港、臺北港、蘇澳港及臺中港完成港區進出通道盤點，限縮人員進出港區通道，預為實聯制準備。
五、針對轄屬各辦公廳舍、會議室、場站、電梯及廁所等公共區域(場所)，每2小時實施環境清潔消毒1次，並要求旅客進入旅運中心前佩戴口罩，體溫量測及保持社交距離。
六、現場作業務必依港務公司公告之作業指引辦理:
(一)請港警要求進出港區各類車輛司機及人員，均應落實佩戴口罩。並請港務公司作業現場管理單位稽核現場從業人員全程佩戴口罩。
(二)港埠及船邊作業，應落實分班作業、交接人員避免作業時間重疊，在上工前應進行體溫量測、佩戴口罩及做好個人安全防疫工作。
(三)船員船舶作業管理：除商務履約、緊急作業需求外，所有船員禁止下船，對於船員活動範圍、人數及作業時間，業者應進行管制並詳實登錄每日出勤作業人員名單，申請下船之船員於作業完成後應立即回船不得於碼頭逗留。
(四)登船作業管理：船方應於作業前後執行必要消毒(如舷梯、扶手)，無特殊情況，禁止非作業人員登船。如需登船，應造冊管理並追蹤該人員後續健康狀況。
(五)塔台航管人員與監控中心日夜班同仁交接應做分流控管，並建立人力、設施備援機制，人員儘量不接觸設備並以酒精做擦拭消毒。 港務公司除積極落實上述各項防疫作為，並要求各航商業者、作業相關工作人員落實各項防疫作為外，同時採取隨機無預警訪查，以維護港區防疫作業安全及港埠正常營運。