因應雙北市升級為第三級緊急疫區，合庫指出，合庫銀行位於雙北市區的營業據點計有96家分行，已全面完成備援計畫確保營運不中斷，並且全面清查實際居住蘆州及萬華等較高風險地區員工人數，目前未達全體員工人數的1%，其中對於總行單位的兩地區居住員工，將評估採取居家辦公的可行性。
合庫銀行前為因應進入防疫第二級，已啟動分行客戶實聯制(於5月17日實施QR Code實聯制)，並增加委請專業廠商對總行及各營業單位進行環境消毒之頻率，同時強化各項防疫措施，如電梯搭乘人數限制、嚴禁於電梯內交談與飲食、員工餐廳改以打包帶回個人座位使用、暫停非急迫性或必要性之拜訪等。
合庫銀行繼5月15日完成第一階段異地辦公之布署，因應中央流行疫情指揮中心宣布台北市、新北市自5月14日起至5月28日升級為第三級警戒，該行旋即於5月16日召集防疫小組緊急視訊會議，研擬多項更高規格防疫措施，於5月17日啟動第二階段異地辦公機制，包含總行大樓各單位(含金控)人員進行異地辦公，落實人員分流；此外，為進一步降低人員移動產生傳播風險，該行宣布減少非急迫性的，儘量採行視訊方式召開；各部門教育訓練、業務會議等，亦改採視訊或延期舉行。