關於近日有企業、宗教團體、地方政府或民間組織表達申請疫苗採購捐贈相關議題，指揮中心開出八大條件，令很多醫界及捐贈者不解，怨聲載道，確診數仍高的新北市長侯友宜今天下午疫情記者會也向中央開砲，喊話中央「別再刁難了啦，趕快一點啦」。對此，總統府提出三點聲明，表示會全力提供協助，沒有刁難。
總統府發言人張惇涵表示三點說明如下：一、關於近日企業、宗教團體、縣市政府或民間組織尋求疫苗供應來源，總統府表達感謝並歡迎。政府各相關單位一直全力加速推動外購疫苗到貨期程，也希望政府與民間共同努力，讓疫苗供給更為穩定。總統府強調，政府只有全力為國民健康把關的責任，沒有所謂刁難問題。
二、對於相關申請案件，以及審查的進程，蔡總統及行政院蘇貞昌院長請中央流行疫情指揮中心必須全力投入處理，必須儘速與各申請單位了解、確認相關貨源，並且提供必要協助。而指揮中心也明確表達全力投入、提供協助的立場。
三、疫苗攸關國民健康安全，政府必須對疫苗安全負最大責任。因此，疫苗進口、通路配送，乃至後續接種，相關的安排及合約的簽訂情形，政府都必須有充分了解，並提供必要協助。政府的立場是，一切以國民健康安全為唯一目標，務必確保國人的安全與健康，並達到國家整體防疫的成效。
依指揮中心日前公布「地方政府或企業申請COVID-19疫苗專案輸入流程」，申請需檢送八項資料，並經食藥署審查，首先要委託藥商當申請者，接下來需檢送八項資料，包括執行計畫書、藥品說明書、數量及計算依據、冷鏈及倉儲設備、供貨期程、原廠授權書、有效期限、國外上市證明或替代文件等，再送食藥署審查。民間業者認為此一程序恐延宕疫苗採購及施打效率。