財政部高雄國稅局表示，銷售貨物或勞務，應依《加值型及非加值型營業稅法》規定課徵營業稅。受新冠疫情影響，民眾除了到診所看診外，也會到藥局購買居家常備藥品，近來有藥局負責人詢問，藥局販售藥品或藥師提供藥品調劑、供應業務的收入，是應該報繳營業稅還是歸課執行業務所得？
高雄國稅局指出，藥師提供的專業性勞務，依《營業稅法》第3條第2項但書及《營業稅法施行細則》第6條規定，非屬營業稅課稅範圍。亦即藥局依醫師處方箋從事藥品調劑業務的收入，及經調劑後藥品供應的收入，沒有課徵營業稅及開立統一發票問題，反之，藥局銷售非屬醫師處方箋藥品及其他貨物，則應依法報繳營業稅。
高雄國稅局說明，藥局如專營藥品調劑、供應的業務，屬藥師提供的專業性勞務，免辦營業稅籍登記，並免課徵營業稅，惟應按其收入核定藥師之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅。
但是，高雄國稅局也表示，如果藥局除經營藥品調劑、供應的業務外，還兼營藥品或其他貨物銷售業務，則應辦理營業稅籍登記，其中屬經營藥品調劑、供應業務之收入，為藥師之執行業務所得，屬銷售藥品或其他貨物的收入，應課徵營業稅。