針對外界質疑我國為何不從大陸專案輸入雞蛋，防檢署說明，專案雞蛋進口國家的選定，會考慮該國是否使用禽流感疫苗，大陸因有使用禽流感疫苗，雞隻施打疫苗的情形下也容易產生禽流感病毒變異，因此不列入專案進口的國家。
防檢署說，經過禽流感防疫專家小組討論結果，考量使用禽流感疫苗雖然可以降低雞隻死亡、症狀及排毒，但無法避免雞隻感染禽流感，部分雞隻會有病毒存在卻無臨床症狀，反而增加其他禽種感染發病風險。再者，雞隻施打疫苗的情形下也容易產生禽流感病毒變異，而增加感染哺乳動物及人的機會。
防檢署指出，基於使用禽流感疫苗可能造成不顯性感染且產生病毒變異，反而提高疫病風險，而目前例行使用禽流感疫苗的國家，均無法有效控制禽流感疫情，因此輸入的產品風險也提高。
此外，考量我國未使用禽流感疫苗，依據世界貿易組織國民待遇原則的精神，所以我國選擇未施打禽流感疫苗的國家作為我國專案蛋品的來源國，以保護我國禽畜生產安全並兼顧民生需求。