環境部升格後，將「環境檢驗所」、「環境保護人員訓練所」整併為國家環境研究院，將從環境智庫的角色，對氣候變遷、環境治理、污染防制與環境風險等，持續進行技術研發與方法制度的建立，並管理環境檢測機構，及辦理溫室氣體查驗機構認證。
國環院代理院長張順欽說，國環院需要前瞻性思維更需要科學研究的基礎，就環境科研領域責無旁貸，任重道遠，累積30多年檢測鑑識技術，是國環院最重要的資產。以爐碴、石綿、土壤污染三項攸關民生的議題為例，說明國環院所擁有的技術，及如何運用於未來的環境科學調查及研究應用。
為揪出造成環境污染的爐碴源頭，張順欽提到，國環院已建置爐碴金屬含量特徵及結晶差異指紋資料庫，可區分鑑別不同製程產生爐碴廢棄物，縮小非調查範圍，循線找到污染源頭，提供強力的證據，協助各環保機關及檢警調單位糾察不法，目前已對16家鋼鐵業者完成碳鋼、不鏽鋼與一貫作業的製程進行調查，並採集爐碴進行鑑識，預定明年底將完成全台鋼鐵業爐碴資料庫。
另外，過往使用石綿瓦的建物，已陸續進入翻修高峰期，環境部關注並提供補助盼妥善清運，前一波化學署已透過光譜技術從航照圖掌握多數屋頂，國環院以特殊顯微鏡配合高階儀器再作補強，另環境部在2024年的預算中，也編列約5.8億元辦理石綿建材廢棄物清除等。
而X射線螢光光譜儀（XRF）可鑑定貴金屬組成與含量，也適用於古文物、藝術品的真偽鑑定，是一種快速、非破壞式的測量方法，國環院主任楊喜男指出，XRF最初開發目的是運用於玩具表面重金屬檢測，而這個特性也可用於污染現地進行快篩、快速辨識金屬成分，並定出受污染需整治的範圍，後續僅需帶回少量污染標的樣品，便可在實驗室進行鑑識分析，這個簡單而經濟實惠解決方案，大幅減少污染採樣及後續檢測成本。
國家環境研究院是本次環境部組織改造重大轉型指標之一，整併原「環境檢驗所」、「環境保護人員訓練所」後，新增「環境治理研究」與「氣候變遷研究」兩中心，國環院以「環境智庫」的角色，因應氣候變遷、資源循環等新議題的挑戰，對氣候變遷、環境治理、污染防制與環境風險等領域持續進行技術的研究開發與方法制度的建立，並管理環境檢測機構及辦理溫室氣體查驗機構認證。以科學力支持環境部環保政策，並整合國內外環境研究資源。